Od roku 1998 nastali v škole personálne zmeny. Nekvalifikovaných učiteľov vystriedali kvalifikované učiteľky  Mgr. Darina Jacová,  Mgr. Renáta Gajdošová, Mgr. Mariana Korečková, dochádzajúca z PO. V roku 1999 preberá funkciu riaditeľky školy Mgr. Darina Jacová a na 1 rok prichádza Lucia Hrickaninová. Tú po roku vystriedala Mgr. Zuzana Havlíková. Po 3 rokoch ju nahradila Mgr. Milena Kaprálová. V roku 1999 na žiadosť rodičov sa pod vedením nového vedenia zriaďuje prvýkrát v histórii obce ŠKD (školský klub detí)Ako vychovávateľka v ňom pôsobí Slávka Šulíková, neskôr Novická V školskom roku 2004/2005 prišiel nový pán učiteľ Mgr. Václav Pribula namiesto pani učiteľky Mgr. Renáty Gajdošovej, ktorá bola na ročnej materskej dovolenke. Od toho istého roku pôsobí v ŠKD pani vychovávateľka Erika Jusková, ktorá nahradila pani vychovávateľku Slávku Novickú. Odchodom pani učiteľky Mgr. Marianny Korečkovej so svojím mužom Davidom Hummenikom do USA v septembri 2005 sa vytvára miesto pre zastupujúceho Mgr. Pribulu a ten získava dekrét na dobu neurčitú.

Nový tím mladých učiteľov vsadil na mimoškolskú činnosť a vrátil do obce kultúru, folklór, záujem o umeleckú činnosť žiakov. Kultúrne podujatia pre obec organizoval vždy podľa kalendára podujatí( Úcta k starším, Vianočná akadémia, Mikulášska nádielka, Fašiangový karneval, Valentínska noc, Deň matiek, Deň detí, Deň otcov...)

Nástupom nového vedenia sa udiali veľké zmeny týkajúce sa budovy školy a samotného spôsobu vyučovania. Od roku 1999 sa previedla rozsiahla rekonštrukcia budovy školy. Bola zavedená plynofikácia, vybudovali sa nové sociálne zariadenia, ktoré nahradili doteraz suché latríny, urobili sa rozsiahle úpravy terénu pri škole. postavilo sa ihrisko, relaxačná časť dvora, chodník ku škole a nová brána s oplotením, vytvorili sa  nové priestory pre vyučovnie, zriadila sa počítačová učebňa a priestory pre ŠKD. Po prechode kompetencií v roku 2003 došlo k zlúčeniu ZŠ s MŠ. 

1. januára 2005 prechádza základná škola s materskou školou na samostatnú rozpočtovú organizáciu s právnou subjektivitou, kde ako štatutár vo funkcii bola potvrdená Mgr. Darina Jacová. Boli v celej škole vymenené nové lavice, stoličky, keramicko-magnetické tabule. Vymenili sa okná v celej škole a prebehlo samotné oživenie a skultúrnenie celej budovy školy. 

Do materskej školy v Rožkovanoch v školskom roku 1995 – 96 bolo zapísaných 40 detí. Výchovno-vzdelávací proces zabezpečovali: riaditeľka Melánia Šlosárová, učiteľky Irena Havaničová a Cecília Havaničová. Po rozhodnutí o zlúčení MŠ so ZŠ, požiadala Melánia Šlosárová Okresný úrad v Sabinove o preloženie na miesto v inej obci. Vystriedala ju Martina Skladaná z Červenice. Tú po 2 rokoch vystriedala vo funkcii zástupkyne riaditeľa pre MŠ Anna Baňasová, ktorá pred rokmi v tomto zariadení začínala ako absolventka. V súčasnosti tam pôsobia pani učiteľka Anna Baňasová, Cecília Havaničová, Miroslava Kijovská, školníčka Anna Kravcová a kuchárka Mária Matvijová. V marci 2006 počas dhodobej PN Melánie Kollárovej nastúpila ako školníčka Božena Nehilová, ktorá po októbrovom nástupe na starobný dôchodok Kollárovej ostala pracovať v ZŠ. V januári roku 2008 nastúpila Marta Verešpejová ako vedúca ŠJ, čiastočne pracuje ako pomocná kuchárka. Nahradila Cilku Havaničovú, ktorá popri práci uč. MŠ robila administratívnu prácu v ŠJ 2 roky.